仁慈堂於1569年由澳門首任主教賈尼路創立，負責慈善救濟的工作，故名“仁慈堂”。成立之後，仁慈堂開辦了中國第一間西式醫院白馬行醫院，並設育嬰堂、痲瘋院、老人院、孤兒院等機構。

仁慈堂大樓修建於18世紀中葉，至1905年形成今天的面貌，具新古典主義建築風格。